第三步：除杂质
榨汁所得的葡萄汁含有许多杂质与葡萄残渣，常浑浊不清，容易变质，且会产生怪异的草味，必须先去除再进行发酵。最常用的是自然沉淀法，只要半天到两天的时间就可以完成。天气较热或葡萄质量不佳的年份，需要通过降温或添加二氧化硫来抑制氧化与发酵，因为只要一发酵，产生的二氧化碳气泡就会干扰沉淀，无法达到澄清的效果。
二氧化硫是一种自然的抗氧化剂与抗菌剂，除了在葡萄园中可用来防治粉孢菌，在葡萄酒的酿造过程中也经常使用，最后在装瓶时也必须添加，具有保存、防腐的功能。没有添加二氧化硫的葡萄酒，相当脆弱、不稳定，很容易变质。霞多丽是对于氧化耐受度较高的品种，在榨汁后，如果一开始就添加二氧化硫保护，可能会降低之后的抗氧化能力。在勃艮第的酿酒传统中，曾经流传先让葡萄汁氧化变浑浊，转成棕绿色后再添加二氧化硫的做法，这可以避免之后葡萄酒提早氧化的风险。新式的酿酒法从一开始就添加二氧化硫，让霞多丽失去习惯氧化的机会，反而增加了氧化变质的风险。
橡木桶也是工具和原料
有较多的霞多丽在不锈钢槽中发酵
发酵前的澄清并不需要做到绝对纯净，这样反而会让酒失去一些风味与个性。有些酒庄甚至会直接跳过发酵前去渣的程序，其中包括知名的酒庄，如夏山-蒙哈榭村的Ramonet榨汁后直接入桶发酵，完全不经沉淀。这种方法要求在之后的酿造上更加小心，须减少搅桶与换桶，以降低酒变质的风险。
有些年份的葡萄汁会过于浓稠，很难通过沉淀澄清，有些酒庄会加入特殊的酶，将汁中的果胶水解成可溶于水的物质，降低浓稠度。有些地区澄清的方式更为复杂，在夏布利地区因为机器采收较多，有时为了让葡萄汁更干净，还会通过凝结或过滤法来澄清葡萄汁。
