原则上，若采购文件约定由成交供应商支付代理费，且无特别免责条款，供应商应支付。但若代理机构存在重大失误并经投诉确认，供应商有权依据合同法主张减免或拒付部分费用，尤其是当该失误导致其权益受损或增加履约成本时。最稳妥路径是：先按约支付，再通过协商、投诉或诉讼追偿损失；或在支付前书面提出异议并保留证据，避免被认定为违约。
《政府采购代理机构管理暂行办法》（财库〔2018〕2号）第十五条 代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可由采购人支付。由中标、成交供应商支付的，供应商报价应当包含代理费用。代理费用超过分散采购限额标准的，原则上由中标、成交供应商支付。
代理机构应当在采购文件中明示代理费用收取方式及标准，随中标、成交结果一并公开本项目收费情况，包括具体收费标准及收费金额等。
《中华人民共和国民法典》第五百七十七条 当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第五百七十八条 当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行合同义务的，对方可以在履行期限届满前请求其承担违约责任。
