1. 主体不同
政府采购：采购主体是各级国家机关、事业单位和团体组织（使用财政性资金）。不包括国有企业（除非参照执行）。
招标投标：主体范围更广，包括一切法人、其他组织或自然人，只要进行工程建设项目招标（如国有企业、民营企业、混合所有制企业等），均可适用《招标投标法》。
简言之：政府采购限于“公共部门”；招标投标适用于“所有主体”的工程建设项目。
2. 代理机制不同
政府采购：采购人可以自行采购，也可以委托集中采购机构（政府设立的采购中心）或社会采购代理机构。其中，纳入集中采购目录的项目，必须委托集中采购机构代理；部门集中采购或分散采购，可委托社会代理机构。
招标投标：招标人有权自行选择招标代理机构（任何依法设立的、具有相应资质的机构），没有“必须委托政府设立的代理机构” 的要求。招标人自身有能力的，也可以自行办理招标事宜。
关键区别：政府采购存在“强制委托集中采购机构”的情形；招标投标完全市场化选择。
3. 采购方式不同
政府采购：方式多样，包括公开招标、邀请招标、竞争性谈判、竞争性磋商、询价、单一来源采购、框架协议、合作创新以及财政部认定的其他方式。公开招标不是唯一方式，且达到公开招标限额但符合特殊情形可经批准改用非招标方式。
招标投标：核心方式只有公开招标和邀请招标。其他如“议标”等不是法定方式。依法必须招标的项目原则上应采用公开招标，符合条件可邀请招标。
简言之：政府采购方式更丰富；招标投标主要限于两种招标形式。
4. 监督部门不同
政府采购：监督管理部门是各级人民政府财政部门（财政部及地方财政局）。财政部门负责政府采购活动的监督管理，包括投诉处理、监督检查等。
招标投标：监督部门实行分行业负责。例如：房屋建筑和市政工程由住建部门监督；水利工程由水利部门；交通工程由交通部门；工业项目由工信部门等。国务院发展改革部门指导协调全国招投标工作。
核心区别：政府采购统一由财政管；招标投标由各行业主管部门分工监管。
5. 利益冲突的规定不同
政府采购：明确规定采购人员及相关人员与供应商有利害关系的，必须回避。同时，禁止政府采购评审专家与供应商存在利害关系。另外，政府集中采购机构不得从事营利性活动，且不得与供应商有隶属或利益关系。
招标投标：规定招标人与投标人有利害关系可能影响招标公正性的，不得参与投标。评标委员会成员与投标人有利害关系的应当回避。但相比政府采购，对“采购机构自身不得营利”的规定较弱，因为招标代理机构是市场化企业。
主要差异：政府采购对集中采购机构的中立性要求更严格。
6. 中标人的原则不同
政府采购：核心原则是“符合采购需求、质量和服务相等且报价最低”（对询价、竞争性谈判方式）或“综合评分最高”（对招标方式）。但更强调物有所值和政策功能（如扶持中小企业、节能环保等）。即使价格最低，若不满足实质性要求也不得中标。
招标投标：依法必须招标的项目，评标方法主要是经评审的最低投标价法和综合评估法。中标人应当满足招标文件实质性要求，并且经评审的投标价格最低（但低于成本的除外）或综合得分最高。更侧重价格竞争和技术方案，政府采购政策功能体现较少。
注意：政府采购中，即使采用招标方式，也要执行政府采购政策（如优先采购国货、环保产品等），这是不同于普通招投标的“原则”。
7. 质疑答复规定不同
政府采购：设有法定质疑和投诉程序。供应商认为采购文件、过程或结果损害其权益的，应在知道或应知道之日起7个工作日内向采购人或代理机构提出书面质疑。采购人收到质疑后需在7个工作日内答复。 对质疑答复不满，可在答复期满后15个工作日内向财政部门投诉。投诉期间可能暂停采购活动。 财政部门处理投诉的时限为30个工作日。
招标投标：称为异议和投诉。投标人或其他利害关系人对招标文件、开标、评标结果等有异议的，应当在规定时限内向招标人提出异议（如对资格预审文件有异议，需在提交资格预审文件截止前2日提出，对招标文件有异议，需在投标截止前10日提出，对评标结果异议应在中标候选人公示期间提出）。招标人收到异议后3日内作出答复，若未答复则需暂停招标活动。对异议答复不满，可向有关行政监督部门投诉。
主要区别：政府采购明确“7个工作日”质疑期；招标投标对异议时限有不同规定（如开标当场提出，评标结果公示期内提出）。政府采购由财政部门处理投诉；招投标由行业监督部门处理。
8. 法律责任不同
政府采购：法律责任包括民事、行政和刑事责任。例如：采购人、代理机构违规可处以罚款、禁止代理采购业务；供应商违规可列入不良行为名单、一至三年禁止参加政府采购活动；恶意投诉可罚款。更强调对供应商的市场准入限制。
招标投标：法律责任包括责令改正、罚款、暂停项目执行、吊销营业执照等。对招标人、投标人、代理机构、评标委员会都有具体罚则。例如：投标人串通投标、弄虚作假的中标无效，罚款并吊销营业执照；情节严重的，取消一定期限内参加依法必须招标项目的投标资格，甚至追究刑事责任。
对比：政府采购特有“列入黑名单并禁止参加政府采购活动”；招标投标特有“取消依法必须招标项目的投标资格”。两者均有罚款、吊销执照等，但具体适用情形和处罚力度略有差异。
