叶绿体基因组 叶绿体比较基因组学与系统发育研究揭示芒果属（Mangifera）较低的遗传变异率
Comparative Genomics and Phylogenetics of Chloroplasts Reveal Lower Rates of Genetic Variation in Mango ( Mangifera )
时间：2025 杂志：Ecology and Evolution 影响因子：2.3 分区：2/2区
摘要
芒果是一种重要的经济作物，栽培历史悠久。然而，目前关于芒果不同品种间叶绿体（chloroplast，简称 cp）基因组特征及系统发育关系的研究仍较为有限。为填补这一研究空白，本研究对 23 份芒果种质资源的 cp 基因组进行了组装、注释与比较分析。芒果 cp 基因组呈现典型的四分体结构，长度范围为 157,604~158,949 bp；每份基因组序列均编码 129 个基因，包括 84 个蛋白编码基因、37 个 tRNA 基因和 8 个 rRNA 基因。核苷酸多样性分析鉴定出 3 个突变热点区域（trnH-GUG-psbA、ycf4-cemA 和 ndhF-rpl32），可用于开发叶绿体特异性分子标记。系统发育分析表明，芒果种质资源可划分为 4 个主要分支，其中野生品种与栽培品种各自形成独立分支。值得注意的是，叶绿体比较基因组学与系统发育研究发现，栽培芒果的遗传变异率相对较低，这一现象可能与芒果驯化过程中广泛的种间杂交及基因渐渗事件有关。本研究为芒果作物育种提供了宝贵的基因组资源，同时加深了对不同芒果品种间遗传变异及系统发育关系的理解。
样本采集与 DNA 提取
本研究使用的 23 份芒果样本及其基本信息、地理起源详见表 1。所有新测序的植物样本均由田新民教授与黄建峰研究员在中国广西国家芒果种质资源圃采集并鉴定，凭证标本均保存于该资源圃，标本编号为 FSMG230028—FSMG230050。新鲜芒果叶片经硅胶干燥处理后，采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法提取叶片基因组 DNA，提取的 DNA 完整性通过琼脂糖凝胶电泳检测。
#基因组测序 #细胞器 #系统发育 #叶绿体基因组 #叶绿体基因组测序 #遗传变异
Comparative Genomics and Phylogenetics of Chloroplasts Reveal Lower Rates of Genetic Variation in Mango ( Mangifera )
时间：2025 杂志：Ecology and Evolution 影响因子：2.3 分区：2/2区
摘要
芒果是一种重要的经济作物，栽培历史悠久。然而，目前关于芒果不同品种间叶绿体（chloroplast，简称 cp）基因组特征及系统发育关系的研究仍较为有限。为填补这一研究空白，本研究对 23 份芒果种质资源的 cp 基因组进行了组装、注释与比较分析。芒果 cp 基因组呈现典型的四分体结构，长度范围为 157,604~158,949 bp；每份基因组序列均编码 129 个基因，包括 84 个蛋白编码基因、37 个 tRNA 基因和 8 个 rRNA 基因。核苷酸多样性分析鉴定出 3 个突变热点区域（trnH-GUG-psbA、ycf4-cemA 和 ndhF-rpl32），可用于开发叶绿体特异性分子标记。系统发育分析表明，芒果种质资源可划分为 4 个主要分支，其中野生品种与栽培品种各自形成独立分支。值得注意的是，叶绿体比较基因组学与系统发育研究发现，栽培芒果的遗传变异率相对较低，这一现象可能与芒果驯化过程中广泛的种间杂交及基因渐渗事件有关。本研究为芒果作物育种提供了宝贵的基因组资源，同时加深了对不同芒果品种间遗传变异及系统发育关系的理解。
样本采集与 DNA 提取
本研究使用的 23 份芒果样本及其基本信息、地理起源详见表 1。所有新测序的植物样本均由田新民教授与黄建峰研究员在中国广西国家芒果种质资源圃采集并鉴定，凭证标本均保存于该资源圃，标本编号为 FSMG230028—FSMG230050。新鲜芒果叶片经硅胶干燥处理后，采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法提取叶片基因组 DNA，提取的 DNA 完整性通过琼脂糖凝胶电泳检测。
#基因组测序 #细胞器 #系统发育 #叶绿体基因组 #叶绿体基因组测序 #遗传变异
